Karimunjawa telah menunjukkan peningkatan fasilitas di bidang kesehatan, ditandai dengan adanya Puskemas yang menjadi garda terdepan dalam pelayanan kesehatan. Selain itu, adanya Posyandu sebagai garda terdepan dalam wilayah desa atau dukuh dengan jumlah Kader yang membantu pelayanan sebanyak 5-7 orang, terbagi menjadi sebagai berikut.

1. Puskesmas Karimunjawa yang berlokasi di pusat Kecamatan Karimunjawa menawarkan berbagai pelayanan, mulai dari Instalasi Gawat Darurat (IGD) sampai ke pelayanan jemput bola atau penyuluhan masyarakat door to door.
2. Posyandu Mawar yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 5 pukul 08.00 WIB
3. Posyandu Anggrek yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 7 pukul 08.00 WIB
4. Posyandu Kenanga yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 10 pukul 08.00 WIB
5. Posyandu Delima yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 11 pukul 08.00 WIB
6. Posyandu Melati yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 12 pukul 08.00 WIB
7. Posyandu Cempaka Putih yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 13 pukul 08.00 WIB
8. Posyandu Matahari yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 14 pukul 08.00 WIB
9. Posyandu Dewa Daru yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 25 pukul 08.00 WIB
10. Posyandu Genting Indah yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 17 pukul 08.00 WIB
11. Posyandu Dahlia yang berlokasi di Desa Karimunjawa memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 20 pukul 08.00 WIB
12. Posyandu Kemujan 1 yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 18 pukul 08.30 WIB
13. Posyandu Kemujan 2 yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 19 pukul 09.00 WIB
14. Posyandu Telaga Indah yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 20 pukul 10.00 WIB
15. Posyandu Mrican 1 yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 16 pukul 09.00 WIB
16. Posyandu Mrican 2 yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 17 pukul 09.00 WIB
17. Posyandu Angin Mamiri Batulawang yang berlokasi di Desa Kemujan memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 21 pukul 08.30 WIB
18. Posyandu Parang 1 yang berlokasi di Desa Parang memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 14 pukul 08.00 WIB
19. Posyandu Parang 2 yang berlokasi di Desa Parang memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 15 pukul 08.00 WIB
20. Posyandu Nyamuk yang berlokasi di Desa Nyamuk memberikan kegiatan rutin pelayanan kesehatan setiap bulannya pada tanggal 16 pukul 08.00 WIB

Menurut data dari Puskesmas Karimunjawa, jumlah kasus stunting terbaru sebesar 4.85% atau sebanyak 35 kasus untuk satu kecamatan. Untuk menurunkan angka tersebut, pemerintah kecamatan dan desa aktif menggerakkan program Pemberian Makanan Tambahan atau PMT dan monitoring rutin dalam program 1000 hari pertama. 

Menurut data yang diperoleh dari Puskesmas Karimunjawa, laporan 20 besar kasus penyakit adalah sebagai berikut.